Sobre a grafia e o uso do termo
Microrganismo se escreve M-I-C-R-O-O-R-G-A-N-I-S-M-O. É uma palavra paroxítona terminada em "o", então não leva acento. A pronúncia padrão em português brasileiro cai no penúltimo sílabo: mi-cro-or-ga-nis-mo. Um erro bem comum que vejo em relatórios e artigos científicos amadores é trocar o "s" pelo "z" no final, ou seja, "microorganismo" sem o segundo "o" ou com grafias alternativas que não existem no padrão culto. Às vezes aparece também "micróbio", que é um termo mais genérico e informai, mas não substitui "microrganismo" em contexto técnico.
como se escreve microrganismo
A resposta curta é a já dada acima. Mas o que as pessoas realmente precisam entender não é só a sequência de letras, e sim quando usar esse termo em vez de outros similares, porque isso gera dúvidas na escrita também. Microrganismo é o termo abrangente para qualquer ser vivo microscopicamente pequeno: bactérias, fungos, protozoários, algas microscópicas, vírus (com ressalvas, já que vírus não são considerados organismos vivos pela maioria dos taxonomistas contemporâneos). Se você está escrevendo algo técnico, use "microrganismo" de forma intencional. Se for um texto jornalístico ou didático mais leve, "micro-organismo" com hífen já era usado na norma anterior ao Acordo Ortográfico de 1990, mas a forma oficial hoje, segundo o Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras, é microrganismo, tudo junto, sem hífen.
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Um detalhe que muita gente perde: o prefixo "micro-" diante de vogal "o" tende a se fundir na língua portuguesa. Por isso não escrevemos "micro organismo" separado, nem "micro-organismo" com hífen. A fixação veio naturalmente com o tempo e agora está consagrada no Dicionário da Academia. O que eu vejo todo dia em revisão de papers é gente colocando hífen por insegurança. Não precisa. A regra geral é simples: prefixos terminados em vogal + palavra iniciada pela mesma vogal geralmente se fundem. Micro + organismo = microrganismo. O mesmo acontece com "circum" + "mental" = circummental (embora esse seja bem menos comum no dia a dia).
Outra pegadinha: alguns textos ainda usam "germe" como sinônimo. Em microbiologia clínica, "germe" é jargão aceptável para se referir a bactérias patogênicas isoladas em cultura. Mas em um artigo sobre diversidade microbiana ambiental, chamar tudo de "germes" soa amador. "Microrganismos" é o termo neutro e correto. Se você está fazendo um trabalho acadêmico e quer confirmar a grafia, consulta o VOLP online (vocabulário ortográfico da ABL) ou o Houaiss. Ambos registram "microrganismo" como forma única e preferencial.